全國教師工會總聯合會表示，教育部日前(12日)強行發布修正《解聘辦法》與《考核辦法》，無視基層教師長期反映的「校事會議」調查制度弊端，將於1月25日協同全國各地方教師工會，號召全國教師夥伴走上街頭，前往教育部陳情抗議，要求政府停止「小案大辦」，還給校園平靜的教學空間。對此，教育部回應表示，相關說法與修法事實及制度內容多有不符，這次修法研修過程納入教師工會及教師團體意見，相關建議已具體反映於制度設計中，教育部的責任，是在確保學生受教權益與教師教育專業之間，建立可運作、可檢討的制度，而非以否定制度本身取代對制度的理性討論。
教育部指出，針對近日教團對教育部修正《高級中等以下學校教師解聘不續聘停聘或資遣辦法》及《公立高級中等以下學校教師成績考核辦法》提出質疑，並指稱修法為「強行修法」、「未解決濫訴與小案大辦」、「擴大外聘調查」、「使校園司法化」等，教育部嚴正澄清，相關說法與修法事實及制度內容多有不符，本次修法研修過程納入教師工會及教師團體意見，相關建議已具體反映於制度設計中，包括強化受理與分流機制、不受理匿名檢舉，並明定教師於教師評審委員會或考核委員會陳述意見時，學校應主動提供調查及輔導資料，保障知情權等；教育部尊重各界表達意見的權利，亦將持續蒐集實務回饋、滾動檢討制度，但對於與修法事實不符的指稱，教育部有責任即時澄清。
教育部深刻說明，有關所謂「強行修法」的指控，與事實不符。這次修法是基於制度實施一年多後的實務檢視，教育部於去年(114年)6月完成整體調查及現場數據蒐集分析，並蒐集地方政府、學校及相關團體意見，經預告及溝通程序後完成修正，並非倉促或未經討論的修法。
部分教團指稱修法未處理濫訴與小案大辦問題，與實際修法內容不符。教育部指出，本次修法正是基於實務數據，正視濫訴與小案大辦確實存在的問題，新增「受理前即行判斷」及「受理後案件分流」機制，並強化檢舉責任設計，避免一般教學、管教或溝通爭議，一開始即進入最嚴格的調查程序。部分教團將上述制度調整描述為「未解決問題」，完全忽略修法實質內容。
教育部指出，依統計資料顯示，經完成調查的案件中，實務上有相當比例案件本質上屬於考核或一般校內專業處理範疇，而非解聘層級事件，同時，過往進入調查程序的案件中，匿名檢舉所占比例亦不在少數；正因如此，教育部才設計受理判斷及案件分流，讓考核案件回到考核機制處理。同時修法亦明確限制匿名檢舉，透過不受理匿名檢舉及受理階段判斷的雙重調整，強化檢舉責任，降低濫訴風險。
關於部分教團指稱「全外聘調查擴及一般案件」，教育部澄清，教師成績考核案件仍應派校內人員調查，外聘調查僅限於校內確實無法組成調查人力等特殊、必要情形，並非全面或常態適用。部分教團將例外性設計解讀為制度主體，與實際規範不符。
針對部分教團指稱新制使校長「權責真空」變成「巨嬰」，教育部說明，新制在不同意見並存下，為回應校長是否偏頗或承受不當壓力的疑慮，調整其於受理判斷中的角色分工，校長仍負責召集、釐清事實及行政協調，並非所謂架空行政責任。
此外，教團將修法定性為使校園「司法化」或「法律割喉戰」，亦與修法目的恰恰相反。教育部強調，本次修法正是希望避免所有事件動輒進入調查或訴訟程序，透過預防性設計與分流機制，讓一般事件回歸校內專業與考核處理，減少行政內耗與對立。教育部本次修法已明確設置「輔佐人制度」，在調查及會議過程中提供程序協助與支持，協助雙方理性溝通，同時亦將持續強化調查人員專業訓練，並透過既有的人才庫管理與退場機制，汰除不適任調查人員，確保調查程序的客觀、公正與專業。
至於關切教師冤案補償及名譽回復機制，教育部重申，相關配套已啟動研議，法案發布當天也發布新聞稿及受訪回應說明，並非如部分教團所稱完全未處理。
教育部也必須嚴正指出，制度討論若刻意忽略修法內容與實務事實，僅以全面廢除相關機制作為訴求，仍難以回應不適任教師處理及學生權益保障等教育現場的實際問題。教育部的責任，是在確保學生受教權益與教師教育專業之間，建立可運作、可檢討的制度，而非以否定制度本身取代對制度的理性討論。