針對中華民國迷你足球協會溢領補助款一事，運動部強調，截至今天（25日）迷你足協已繳回新臺幣129萬9,520元，並非外界報導的僅2萬元。溢領款項分10年攤還，是經前教育部體育署召開專家會議討論，並參考法規及會計、財務及法律專家意見後，考量「確保協會能實際償還全部欠款」才同意分期，並非任意寬待。該案已進入司法調查程序，若有違法情事，運動部全民運動署將全力配合檢調提供資料與說明。
運動部表示，經審計處及原教育部體育署委託會計師查核，迷你足協須繳回總計1,567萬2,458元。已繳回款項共129萬9,520元，須再繳回的款項共計1,437萬2,938元，包括今年底應繳餘款26萬5,927元，以及另外9案需繳回1,410萬7,011元，按比例分10年攤還。
迷你足協提出分期付款協商請求後，原教育部體育署於114年7月召開專家會議，經法規、會計、財務及法律專家合議討論，以「追討全部欠款」為前提，才同意協會分期還款。運動部全民運動署於114年9月9日成立後，接續處理本案，並函請迷你足協依規劃期程繳回款項。若協會一期不履行或逾期履行，則視為全部到期，將依《行政執行法》第11條移送行政執行署辦理，且未繳清前，將依《全國性體育團體經費補助辦法》第9條停止申請補助。
本案涉及原教育部體育署及運動部全民運動署承辦人員皆依法執行公務，包括會計師查核及查核結果配合移送檢調。會計師查核原定6個月完成，但因10年單據資料龐大，實際花費近10個月才完成查核、驗證及行政簽核，並無包庇或拖延情事。
監察院針對迷你足協案調查指出，體育署在監管作為上強度不足。為提升民間團體補助監督效能，運動部表示將持續針對補助經費達一定規模之活動計畫查核，對未送審單據或重大案件，委託會計師團隊實地查核，範圍涵蓋補助計畫支用單據保存、收入揭露、自籌款支出等，並強化外部稽核機制，以防類似案件再度發生。