受馬太鞍溪堰塞湖溢流影響，花蓮縣光復鄉多所學校也受創，包括國立光復商工、花蓮縣立光復國中，都位於重災區，校園被厚重淤泥覆蓋，單靠人力已無法清除，校園復原仍有挑戰。
學校6.2公頃全都被掩蓋在厚厚的泥沙下，國立光復商工校長陳進德說，短期內要清理乾淨，堪比不可能的任務。
陳校長指出，雖然國軍人力已經進入災區，但主要以恢復道路為主，再加上總統指示國軍可進入民宅協助清理，人力相當有限，因此，光復商工至今，仍處在一個「進度緩慢」的狀態。
同樣努力清理校園的，還有鄰近的光復國中，大水最高淹到2公尺，即使大水退去，泥沙清理也是大工程，教育處表示，已申請國軍人力，以「日夜輪班」方式，希望盡快清出。