0728豪雨中央災害應變中心持續運作進入第7天，行政院長卓榮泰今天（3日）前往視導應變中心，連線臺南市長黃偉哲、高雄市長陳其邁、嘉義縣長翁章梁及屏東縣長周春米，關心各地災情及救災狀況，並特別請原民會說明支援救災情形。卓院長指示應變中心同仁繼續堅守崗位，全力支援地方政府救災需求，確保民眾安全。
行政院長卓榮泰表示，根據中央氣象署資料，中南部山區白天降雨仍強，高雄山區累積雨量甚至超過2,400毫米，顯示情勢十分嚴峻。目前已知3人罹難、4人失蹤、1人下落不明、49人受傷，請各單位務必提高警覺，積極搜尋失聯者並持續搶救生命。卓院長也指示國軍全力協助緊急撤離的相關需求，並請原民會與地方政府及雲嘉南前進指揮所密切合作，掌握原鄉及部落的災情與需求，提供必要協助。
卓榮泰院長進一步說明，今(3)日晚間起西南氣流逐漸減弱，民眾清理與重建家園的工作即將展開，行政院已成立雲嘉南災後復原前進指揮所，請各部會依所認養分區，全力投入技術支援團隊，積極協處民宅修繕；另外對於短期內地方政府將面臨的狀況，包括大量廢棄物處理、大區域環境消毒、傳染病防治等，都請相關機關務必主動聯繫投入資源，在最短時間內完成，讓民眾生活回到正軌。
卓院長指出，因本次豪雨帶來強降雨、淹水、土石流等，已造成民眾不便與損失，請各部會針對各項救協助措施務必秉持從優、從簡、從速的原則，即時提供給需要的民眾，解決大家的困難。受災地區後續治水需求均應優先納入新一期治水計畫中。
指揮官經濟部長郭智輝呼籲，目前天氣仍不穩定，民眾應注意天氣警特報訊息，避免前往山域及水域進行戶外活動。