由於臺美雙方將針對關稅進行討論，關於美國貿易代表署曾表示臺灣對於美豬、美牛跟基改食物有許多不必要的貿易限制，引發外界擔心是否未來談判後可能開放基改食品進入校園營養午餐，教育部部長鄭英耀接受立委質詢時表示，目前學校營養午餐都使用國內優良農產品，並禁用基改食品，確保學生吃得健康是基本態度。
對於立委問及，未來我國與美國談判後，是否可能會開放基改食品進入校園營養午餐，教育部部長鄭英耀對此表示，讓學生吃得健康是基本態度，校園營養午餐使用國內優良農產品，對在地農業支持，目前政府沒有限制基改食品進口，但《學校衛生法》已要求學校營養午餐優先使用在地優良、「3章1Q」的農產品，並禁用基改生鮮食材，守護孩童健康。對於未來是否開放基改食品，不預設立場，但對人體健康有影響要長期追蹤，希望都蒐集科學證據，不要造成家長擔憂。
關於立委詢問，校園營養午餐是否配合政府政策，優先採用國內農產品，鄭部長表示，各項營養午餐食材都要上網登記，教育部跟地方政府有定期訪查跟不定期抽查，去年至今沒有查獲違法情事。