中央流行疫情指揮中心今天(3日)公布國內新增33,431例確定病例，分別為54例境外移入及33,377例本土個案，指揮中心表示，個案數比上週同期增加17%，另外，也針對重複感染定義進行修正，將距離前次發病1個月到3個月內，放寬到14天到3個月內。
國內本土病例新增44人為中症、30人為重症、38例死亡個案，其中有36例具慢性病史、27例沒有接種完整疫苗。上週定序93例本土個案，其中有74例為BA.5，其餘19例為BA.2，顯示BA.5已逐漸取代BA.2，從八月中以來面臨BA.5這一波疫情，可能會導致先前才剛感染過BA.2的個案，又重複感染到BA.5，因此重複感染定義可多採認14天到1個月內發病的個案。
醫療應變組副組長羅一鈞表示，近一個月內「二度確診」有635例，為了讓重複感染個案能獲得妥善處置，9月30日已發布公文，距前一次發病日或採檢日14天起至3個月內，如原慢性症狀惡化、發燒或有新呼吸道症狀，且PCR檢驗陽性且Ct值<27或抗原/核酸快篩陽性，可經臨床醫師診斷為「重複感染」者。另外，也將原本規定的3個月後Ct值須小於30條件刪除，僅需經PCR或抗原/核酸快篩陽性就可認定。
由於疫情特別條例將於2023年6月30日到期，對於指揮中心是否解除或降級，指揮官王必勝列出目前7項重點防疫工作，包含現行防疫體系維持運作、邊境解封規劃執行及後續管理、國內防疫政策適時調整，像是同住者居家隔離、口罩政策、確診者隔離治療、通報條件等、新冠肺炎改類評估規劃、次世代疫苗採購與接種、傳染病防治法修訂及疫情變化下的緊急應變作為。
指揮中心強調，疫情變化大，提醒尚未完整接種疫苗的民眾儘速完成接種疫苗；遵守現行防疫規定，落實戴口罩與勤洗手等，一但確診也請配合相關防疫措施；保護高齡、幼兒及重大疾病等脆弱族群，一有疑似症狀就儘速快篩或就醫；適當準備防疫物資，包括口罩、快篩試劑等。