新生兒敗血症可能產生如腦膜炎、神經發展障礙等嚴重併發症，甚至引發多重器官衰竭而死亡。一般足月兒發生率為千分之1到4，死亡率約3%；但極低出生體重(小於1000公克)早產兒的機率，則高達10-40%，死亡率可達25%。林口長庚醫院新生兒科李建忠醫師指出，新生兒和嬰幼兒是腸道菌叢發展最重要的時期，這時候的腸道菌叢變化，可能影響以後甚至成年的健康。早產兒由於腸道尚未成熟，出生後受到疾病治療和照顧環境影響，腸道菌叢無法如健康足月般正常發展，因此有越來越多的醫師和科學家懷疑」早產兒的腸道菌叢可能會增加早產兒壞死性腸炎、慢性肺病、新生兒敗血症、神經發展遲緩，甚至視網膜病變等早產兒常見併發症的發生機率。
林口長庚新生兒科團隊領先亞洲國家，證實早產兒腸道菌叢的失調容易發生敗血症，成果已刊登於2021年10月的國際知名期刊「微生物學前沿 (Frontiers in Microbiology)」。團隊共研究32個非常低出生體重(小於1500公克)早產兒和10個健康足月兒，追蹤半年的時間觀察是否發生敗血症。本項研究結果發現，早產兒腸道細菌的組成在剛出生兩個月內的變化，與健康足月兒相反，是呈現失調的狀態。其次，有發生晚發性敗血症的早產兒，其腸道菌叢失調更為嚴重，且在出生第一週腸道菌叢的多樣性就已經明顯較差。李醫師指出，即使長期使用抗生素，也無法減少腸道壞菌比例，反而減少了如乳酸桿菌和比菲德氏菌等腸內好菌；有三分之一的早產兒在發生敗血症前，致病菌已經定殖在腸道之中，感染來自已經定殖於腸道中的細菌。
李建忠醫師表示，林口長庚醫院新生兒科團隊從研究中證實，早產兒腸道菌叢失調容易發生敗血症，也證明腸道的細菌可因此轉移到全身造成敗血症。這些發現可以提供新生兒科醫師研究預防新生兒敗血症的新方向，若能夠改善或改變早產兒的腸道菌叢，或許可以降低他們發生晚發性敗血症的機率，進而減少早產兒死亡或後遺症的發生。
林口長庚醫院新生兒科林瑞瑩醫師強調，目前並沒有很好預防新生兒敗血症的方法，對於預防早發性敗血症，還可以針對高風險的新生兒在生產前後給予抗生素使用，降低感染機率，但對於晚發性敗血症並沒有任何有效的預防方式。
林口長庚醫院邱政洵副院長表示，希望藉由對新生兒和早產兒腸道菌叢的研究和了解，進而發展相關的精準治療技術，未來不僅可以將微菌治療運用在各種新生兒和早產兒的疾病，也可以進一步維持兒童健康腸道菌叢的發展，達到成年疾病預防的目的。