中央研究院針對P3實驗室前研究員染疫事件進行內部調查，指揮中心表示，報告書中說明事發經過、院方應變措施、感染途徑調查、院方整體調查結果與根本原因分析、責任檢討與未來改進事項。中研院強調，未來將成立P3實驗室綜合檢討委員會，確實改進P3實驗室的管理運作級生物安全監督查核機制。
指揮中心表示，根據調查，確認有三項感染暴露風險因子，首先是實驗操作區與非操作區均存在環境汙染，於實驗動物操作時，未於生物安全櫃中進行，髒墊料直接置於未封口的袋子、也未放置於加蓋的容器中；第二，個案及其他實驗室人員均曾僅穿著一般防護裝備，未戴N95口罩、雙層手套、護目鏡或面罩執行實驗；最後則是個案於脫除防護裝備過程先行脫口罩，才不慎染疫。
根據感染暴露風險因子，中研院也研判感染途徑可能有三種，首先是呼吸道直接暴露受汙染的墊料粉塵、染疫動物受刺激而引發噴飛沫或氣膠的環境；第二為手套表面因直接操作染疫動物被汙染，於脫卸防護裝備程序先誤脫口罩時，接觸臉部口鼻等部位而感染；第三則是防護裝備外層在操作區遭帶有病毒之物體表面汙染，於脫卸防護裝備程序先誤脫口罩時，使口鼻暴露於脫卸過程而感染。
因應此次事件，中研院也針對新進人員教育訓練與操作指導、實驗室SOP操作、實驗操作過程監控、個人防護裝備穿卸流程、意外事故通報流程、動物科學應用審核管理規範及感染性生物材料之使用管控、本次染疫事件成因的系統性問題等七大面向，進行制度面及執行面的回顧檢討，並說明若最終調查認定確有違反規定，將依據人員身分別處理責任歸屬及處分。
指揮中心說明，已於12/17、19派員訪談中研院該P3實驗室主管、工作人員、及中研院生安會主委，並提交訪談結果及中研院內部調查報告予外部專家調查小組，且安排於本週四開會進行審視及討論，預計兩週內提出外部專家小組調查結論及建議；另外，除中研院基因體研究中心P3實驗室已另案調查，其餘國內11家操作新冠病毒之P3實驗室均已於12/17查核完畢，未發現重大缺失。