國際疫情持續嚴峻且變化快速，為了確保國籍航空機組員職場健康及維護國內防疫安全，關於國籍航空公司機組員接種COVID-19疫苗後之檢疫措施，於交通主管機關監督航空公司落實外站「零接觸」管理、機組員「機上全程防護」及返國檢疫措施下，調整內容包括6月12日起國籍航班檢疫措施，以及7月1日起加嚴國籍航班檢疫措施，詳細說明如下。
一、重點高風險國家航線航班之返臺機組員，居家檢疫14天，並於結束日進行PCR檢驗。
二、長程航班(入境旅遊疫情第三級地區)：
1.尚未接種疫苗及接種1劑疫苗未達兩週者：6月12日起，採5天居家檢疫(結束日PCR檢驗)+9天加強版自主健康管理(第9、14天抗原快篩)。7月1日起，採7天居家檢疫(結束日PCR檢驗)+7天加強版自主健康管理(第14天抗原快篩)。
2.接種1劑疫苗且滿兩週，但尚未具完整疫苗保護力： 6月12日起，採3天居家檢疫(結束日PCR檢驗)+11天自主健康管理(第9、14天抗原快篩)。7月1起，採5天居家檢疫(結束日PCR檢驗)+9加強版天自主健康管理(第9、14天抗原快篩)。
3.完整接種2劑疫苗達兩週且抗體檢測陽性(每3個月監測)：採7天自主健康管理(結束日PCR陰性)。
三、短程航班(當班往返且未入境旅遊疫情第三級地區)：6月12起，
1.未完整接種疫苗達兩週及抗體檢測陰性者：採14天自主健康管理+每14天PCR監測。
2.完整接種疫苗滿兩週且抗體檢測陽性者(每3個月抗體監測)：自我健康監測+每14天PCR監測。
指揮中心表示，自疫情以來，機組員肩負疫苗及輸送物資進出口，以維持空運貨物運能，對機組員的付出表示感謝。目前國籍航空機組員多數已接種第1劑疫苗，後續將保留其第2劑疫苗，確保其能獲得疫苗保護力。
指揮中心特別提醒，因病毒株變異及傳播力難以預測，具疫苗保護力的機組員於執勤時，仍應遵守民用航空局訂定之作業規範，於外站「零接觸當地人」、機上全程防護及加強手部衛生清消頻率等，以維護個人及家人防疫安全。