109年國中教育會考將於5月16、17日舉行，花蓮考區今年報名總人數共計2,999人，分別於花蓮高中、花蓮女中、光復商工及玉里高中等4處考場應試，試場數共計88間教室。因應疫情，花蓮縣政府教育處除在各考場會管制進出場動線、校門入口處由專人量測體溫並提供酒精手部消毒外，考生進入考場時，也必須佩戴口罩、出示准考證才能入場。
因應考生若額溫達攝氏37.5度、耳溫達38度，各考場將安排考生到「第二類備用試場」應考，每間備用試場最多容納5名發燒或嚴重呼吸道疾病考生，服務於備用試場的監試人員，同時也備有基礎防護。另外，由於今年不開放考生家長陪考，將由各國中成立考生服務隊，協助考生各項應試服務。
花蓮縣政府教育處處長李裕仁表示，為降低群聚感染，應試期間，各考場皆開冷氣與立扇（扇面正對門外直到考試結束），並維持試場前後門開啟，所有窗戶也會留約10公分縫隙，以保持良好通風，而為了避免開窗噪音，國中會考取消英聽測驗，改以閱讀為主，李裕仁呼籲考生，從容應考、全力以赴，並確實遵守考場規則。
國中教育會考第一天上午考社會科、數學科，下午考國文科及寫作測驗；第二天上午考自然科及英語(閱讀)。花蓮考區109年國中教育會考試務會主任委員，花蓮高中校長詹滿福提醒考生，在試場內應全程戴口罩，監試委員核對身分時，則暫時拉下或脫下口罩到可辨識程度，查驗身分後必須戴回，不配合者，可依「109年國中教育會考違規處理要點」第12點，該科不予計列等級或級分。