因應即將上路的108課綱，國立成功商水結合5大學程與在地人文，規劃具地方特色的多元選修及校定必修課程，彈性學習時間也開設多樣化內容供學生選擇，校長蔡吉郎表示，未來將持續透過產學合作、發展跨領域特色課程，為學生打造優質的學習環境、適性揚才。
從學習知識變成學習素養，108課綱將教學理念「每校一樣、課程一樣」，轉型成「各校皆有特色，學生可依興趣選修」，在新課綱高級中等學校的整體課程規劃中，新增了多元選修、校定必修課程及彈性學習時間。
蔡吉郎指出，校訂必修課程需依據學校願景和學校特色開設，成功商水結合當地文化、歷史、族群及環境特色，在一年級規劃了「追本溯源話成功」、「溝通與表達」課程，希望讓學生進一步了解成功鎮的文化脈絡，產生在地認同，並增進偏鄉學子的人際互動能力。
多元選修課程是新課綱中的一大變革，成功商水就目前設有的商業服務、資訊應用、水產養殖、觀光事務及餐飲服務等5大學程加以規劃，二、三年級每學期針對一般科目提供3門課程讓學生則一學習，專精科目則提供5門課，以「跑班」的方式，在精進各自學程領域之餘，也有機會學習其他學程的專業，培養多元興趣與能力。
此外，108課綱也新增了不計學分、記時數的彈性學習時間，圖書館主任蔡安泰表示，成功商水目前於高一試行校園攝影、美感教育、本土語言、文書處理等課程供學生依興趣選擇，其中本土語言是臺東高中職校首例，從生活中學習臺語文，也進一步了解背後的學理，並輔導學生考取認證。
蔡吉郎強調，成功商水屬特殊偏遠地區學校，外來資源挹注與外來師資支援不易，在此艱困的環境中，教師們戰戰兢兢為108課綱的發展而努力，各學程的發展規劃上大致完成，盼提供學生更好的學習環境與成效。