行政院今天(29號)證實教育部長吳茂昆請辭獲准，吳茂昆也發出辭職聲明表示，因為這一個多月來，特定媒體及在野黨立委極盡能事的抹黑及羞辱，許多該做的事因而延宕，因此，他決定以最高的道德標準，請辭部長職務，期盼教育工作能繼續向前邁進。
至於有關2005年10月在他擔任國科會主委時前往中國大陸開會的爭議，吳茂昆在聲明中強調，自己是代表臺灣，到中國蘇州參加國際學術會議，會後再到杭州，參加由香港科技大學與浙江大學合辦的國際學術高峰會議，這兩個行程事先都有向行政院提出申請，並循程序簽辦，而在行政院回函給國科會的公文中，對於香港科大在杭州所舉行的國際會議並未准駁。由於這場會議在週末舉行，且在當時香港科技大學校長朱經武的力邀下，考量出席會議可大幅增加臺灣在科技領域發展的國際曝光度，才決定轉往杭州與會。