教育部長吳茂昆上週末向行政院口頭請辭並獲准，今天(29號)提出書面的辭職聲明，他表示，自從接任教育部長職務之後，特定媒體即撲天蓋地且用不實的指控進行抹黑，這些不實指控，已造成教育部同仁工作上的困擾，也使行政院團隊受到傷害，許多該做的事因而延宕，幾經思考後決定以最高道德標準，向行政院長賴清德請辭，並已獲得賴院長的同意。
吳茂昆部長強調，自己並非是執行「拔管」才接任教育部長職務，大學校長是學校的領航人，其遴聘的人選，當然且必須要接受較高道德標準的檢視，這個過程完全是對事不對人，我們的教育絕對不能因為意識形態對立而陷入泥沼，而是要回歸真正的理性討論與思辨，在教育上，希望大家為了捍衛學術自由民主、教育下一代為社會公平正義的價值而努力，不管面臨多大的困難。