行政院昨天(16日)傍晚宣布新任教育部長由中央研究院院士吳茂昆接任，但是傳出吳茂昆曾前往中國擔任中國科學院顧問，對此，行政院發言人徐國勇今天(17日)上午表示，已經與吳茂昆確認過，沒有此事。
行政院宣布由中央研究院院士、東華大學前校長吳茂昆接任教育部長，有政治人物爆料，吳茂昆博士曾擔任中國國務院之下的中國科學院顧問，質疑吳茂昆違法在中國兼職，對此，行政院發言人徐國勇為吳茂昆澄清，沒有此事。
另外，有關吳茂昆溢領獎助金遭監院調查、教授升等徇私等爭議，徐國勇也再次重申，吳茂昆在2011年12月受聘為東華大學講座教授，獎助金是5萬元，這是吳茂昆上任校長前聘任，不是當了校長後的事，沒有所謂的校長自肥；至於薪資爭議，當時東華大學的學術獎助評審委員會以吳茂昆的科學研究成績給予頂尖人才25萬元獎助，吳認為先前領有講座教授5萬元，自己僅實領20萬元。徐國勇說，以吳茂昆在國際上的學術成就，留在國外發展可以領得更多，不可能為5萬元溢領，當年東華大學已經澄清，都是誤解。
徐國勇也表示，吳茂昆博士在學術成就與行政歷練都非常完整，擔任教育部長適才適所，與外傳兩岸立場、政治性目的等都無關，外界無須過多解讀。